幕末時期，維新派在傳奇的劊子手拔刀齋緋村劍心（涼風真世配音）引退后，選出同樣具有高超劍術的志志雄真實（池田政典配音）繼續著暗殺任務。在維新即將獲得勝利之際，為掩蓋種種不可告人的秘密，新政府密謀殺害志志雄。誰知全身遭到重度燒傷的志志雄卻從地獄活轉，懷著巨大的仇恨制定了“京都破壞計劃”，他的手下網羅了四乃森蒼紫、瀨田宗次郎、宇水、張等一大批高手。與此同時，劍心、京都御庭番眾、齋藤、比谷清十郎紛紛行動起來，朝向京都進發。一場決定歷史命運的大戰即將拉開序幕……本片根據和月伸宏的同名漫畫改編。